Höchstes Organ des Vereins ist ein Kuratorium von unabhängigen Persönlichkeiten. Der Verein hat daneben eine große Zahl von Fördermitgliedern. Kontrollorgan für die Vereinsaktivitäten ist ein ehrenamtlich arbeitender und vom Kuratorium für jeweils vier Jahre gewählter Aufsichtsrat.

Zu dem Verein gehören gemeinnützige GmbHs, die den Fachbereichen Behindertenhilfe und Psychiatrie, Kinder-, Jugend- und Familienhilfe, Arbeitsförderung sowie Altenhilfe, Pflege- und Behandlungsdienstleistungen zugeordnet sind. Der Verein und die GmbHs werden von einem hauptamtlichen Vorstand geleitet. Der Vorstand wird für eine sechsjährige Amtszeit vom Aufsichtsrat gewählt. Bei GmbH-Beteiligungen mit Partnern existieren häufig auch Aufsichtsräte oder Beiräte, die die Arbeit der Gesellschaften begleiten oder beaufsichtigen.

Die einzelnen Projekte der Brücke-Gruppe werden zurzeit von etwa 40 Mitarbeiter*innen geführt. Fachliche Leitung und die Budgetverantwortung werden jeweils zusammen wahrgenommen. Unterstützt werden diese Leitungskräfte von einer zentralen Finanz- und Organisationsabteilung sowie der Personalabteilung mit dem Fort- und Weiterbildungsinstitut Brücke Akademie.